W gminie Czarna Białostocka ponad 76% obszaru stanowią tereny leśne i zielone wchodzące w skład kompleksu leśnego: Puszcza Knyszyńska. Najważniejszą formą ochrony przyrody na obszarze gminy jest Park Krajobrazowy Puszczy Knyszyńskiej. Park łącznie zajmuje powierzchnię 74 447 ha, z czego 15 405,58 ha znajduje się na terenie gminy Czarna Białostocka. Otulina parku ma powierzchnię 52 255 ha. Został utworzony w 1988 roku. Celem powołania PKPK była ochrona i zachowanie zasobów przyrodniczych, walorów kulturowych i historycznych Puszczy Knyszyńskiej, a także stworzenie warunków do prowadzenia działalności naukowej i dydaktycznej oraz rozwijanie turystyki kwalifikowanej i wypoczynku. PKPK obejmuje pagórkowate tereny w dorzeczu Supraśli i Sokołdy porośnięte lasami większej części Puszczy Knyszyńskiej. Ochronie podlegają tu drzewostany, leśne doliny rzeczne, liczne źródliska oraz różne formy geomorfologiczne (moreny czołowe, zagłębienia wytopiskowe) charakterystyczne dla polodowcowego krajobrazu tego terenu. Lasy, o charakterze borealnym, pokrywają około 80% powierzchni Parku. Dominują drzewostany sosnowe i sosnowo-świerkowe. W północnej i południowej części Puszczy występują grądy, a wzdłuż dolin rzek i strumieni łęgi jesionowo-olszowei olsy. Można tu spotkać również rzadkie zbiorowiska boru bagiennego oraz zespoły trzcinnikowo-świerkowego boru mieszanego i miodownikowo-grabowego lasu mieszanego . Wśród roślinności nieleśnej cenne są śródleśne zbiorowiska turzycoweo wysokim stopniu naturalności. We florze Parku występuje wiele roślin chronionych, między innymi: pióropusznik strusi, brzoza niska, chamedafne północna, arnika górska, lilia złotogłów, wawrzynek wilczełyko i pełnik europejski. Lasy Parku zamieszkują jelenie, łosie, sarny, borsuki, bobry i jenoty oraz rzadko spotykane orzesznice i koszatki. W Parku występuje także ryś, wilk i żubr. Akwifauna Parku jest bogata. Żyją tutaj m.in. takie gatunki, jak: bocian czarny, orlik krzykliwy, dzięcioł trójpalczasty, kania ruda i czarna, głuszec, cietrzew i jarząbek.
Na terenie gminy znajdują się także rezerwaty przyrody:
- Karczmisko. Rezerwat funkcjonuje od 1971 roku, zajmuje powierzchnię 6,15 ha. Jest to rezerwat leśny, utworzony w celu ochrony boru mieszanego sosnowo - świerkowego,
- Jesionowe Góry o pow. 376,55 ha obejmuje ochroną 11 zespołów roślinnych, w tym grąd szczyrowy z okazałymi jesionami, lipami, dębami na pagórkach oraz 15 gatunków roślin chronionych,
- Rezerwat przyrody Budzisk o pow. 328,51 ha obejmuje ochroną grądy, lasy mieszane i świeże a także torfowiska, z olsami i łęgami oraz łąki turzycowe. W runie leśnym występują między innymi storczyk krwisty, wielosił błękitny i rosiczka,
- Rezerwat przyrody Krzemianka o pow. 230,19 ha obejmuje ochroną dolinę rzeki Krzemianka z wydajnymi źródłami oraz łęgi i świerkową postać grądu na granicy zasięgu. Występują tu takie rośliny chronione, jak podkolan biały i zielonawy oraz arnika górska,
- Rezerwat Taboły o pow. 302,44 ha. obejmuje ochroną leśne zespoły torfowiskowe: bór świerkowy torfowcowy, bór mechowiskowy a także biel i olsy.
Cennym walorem krajobrazu gminy Czarna Białostocka są też pomniki przyrody wśród nich do rejestru wpisane są 32 sędziwe drzewa następujących gatunków: dęby szypułkowe, grab zwyczajny, wiąz górski, świerki pospolite, brzozy brodawkowate, jesion wyniosły, sosna pospolita, wiąz szypułkowy.
W gminie występują też użytki ekologiczne. Są to pozostałości ekosystemów, które mają znaczenie dla zachowania unikatowych zasobów genowych i typów środowisk. Do nich zaliczyć możemy naturalne zbiorniki wodne: oczka, bagienka, kępy drzew i krzewów, torfowiska, płaty nie użytkowanej roślinności.
